Koen Van Der Heyden blijft ook de komende seizoenen VW Hamme trouw. De tweedeklasser maakte immers bekend dat de 26-jarige verdediger zijn contract met twee seizoenen heeft verlengd.
Van Der Heyden maakte in de zomer van 2006 de overstap naar VW Hamme komende van KMSK Deinze. Tot dusver speelde hij voor de Oost-Vlaamse tweedeklasser reeds 67 competitiewedstrijden met zes doelpunten tot gevolg. Dit seizoen is hij al goed voor twintig basisplaatsen en twee doelpunten.
Via de jeugd van Heldergem en Denderhoutem belandde Van Der Heyden bij Eendracht Aalst. Daar maakte hij op 28 november 2001 zijn debuut in eerste klasse in de wedstrijd tegen RWD Molenbeek. Na dat seizoen vertrok de verdediger naar RKC Waalwijk om drie seizoenen later terug te keren naar Eendracht Aalst. Daarna ging het na een half seizoen al richting KMSK Deinze.